新疆奶疙瘩的製作方法主要包括以下步驟：
溫熱牛奶。將牛奶倒入加熱容器中，緩慢加熱至32°C，加入用牛奶融化後的發酵劑，攪拌均勻，持續5分鐘。然後靜置1.5小時，再加入用純淨水溶解的凝乳酶，溫度調至40°C，靜置30分鐘。
切割凝乳。將凝乳切割成2cm見方的小塊，用勺子背朝一個方向慢慢攪動10分鐘，舀出乳清的1/3，繼續慢慢加熱水攪拌，用5分鐘左右將溫度升至40°C，然後放置20分鐘再次攪拌直至渣狀。
加壓成型。將這些凝乳塊放到紗布中過濾，濾淨乳清後上壓重物，放置30分鐘。然後將凝乳塊切成3~4cm的長方形，放入帶孔的模具中繼續排乳清，上面放上石塊繼續加壓至1小時。
加鹽和乾燥。取出凝乳塊，反覆倒置包裹加壓6~8小時。取出凝乳表面噴一些醫用酒精，然後撒上食鹽。然後將乳酪常溫乾燥3天，再用酒精噴灑，繼續存放3~4天，並把乳酪完全密封，放入冰櫃2~3周，等到最後成熟。
這是一種傳統的製作方法，需要一定的技巧和耐心，但最終得到的產品是值得的。