新疆河流的特徵主要包括：
多為內流河。新疆幾乎全部的河流最終都不流入海洋，而是消失在灌區、荒漠或積成湖泊，只有少數河流如額爾齊斯河和奇普恰普河是外流河，分別流入北冰洋和印度洋。
河流數量多，但規模較小。新疆共有570條河流，大多數是中小河流。
流量季節性變化大。河流在夏季出現汛期，但冬季由於封凍和降水減少，許多河流會斷流或水量急劇減少。
含沙量大。由於流經地區土壤沙化嚴重，新疆河流的含沙量較大。
以冰雪融水補給為主。大多數河流依靠天山和帕米爾高原等地區的冰川融水補給。
「虎頭蛇尾」的流量特徵。河流上游山區段水量充盈，但下游水量急劇減少，許多河流變成季節性河流。
特殊的大河。新疆的主要大河包括伊犁河、額爾齊斯河、塔里木河等，其中塔里木河是中國最大的內陸河。
受人類活動影響顯著。由於上游大量引水灌溉和下游的水資源開發利用，新疆許多湖泊面積減小甚至乾涸。