新疆的湖泊衆多，其中最著名的包括：
喀納斯湖。位於阿勒泰地區布爾津縣北部，以其神祕的湖怪、變換顏色的湖水和炫目的自然風光而聞名。
賽里木湖。位於博爾塔拉州博樂市境內的北天山山脈中，是新疆海拔最高、面積最大的高山湖泊，有“大西洋最後一滴眼淚”的美譽。
博斯騰湖。位於巴州博湖縣境內，是中國最大的內陸淡水吞吐湖，以其良好的生態環境和美麗的自然風光著稱。
天山天池。位於昌吉州阜康市境內，以清澈的湖水和四周羣山環抱的景色而聞名。
卡拉庫裏湖。位於喀什地區，是中巴公路沿線的著名景點，以其深邃莫測的湖水和美麗的自然風光吸引着遊客。
此外，新疆的湖泊還包括阿克庫勒湖、艾裏克湖等，這些湖泊各有特色，共同構成了新疆獨特的自然景觀。