於姓的起源主要有三大來源，詳情如下：
出自姬姓。於姓有多個來源，其中重要的分支之一是周武王姬發的後代。西周初年，周武王克商後大舉分封諸侯，其第二個兒子邘叔被封在邘國（今河南省沁陽縣北部西萬鎮邘邰村）。邘叔的子孫中，有的姓邘，有的則去邑旁姓於，形成了河南於氏，這是於姓的一個主要來源。
出自古炎帝姜姓齊國公子、文學家淳於髡的後裔淳於氏。在唐代時，為避諱憲宗李純，淳於氏改為單姓於氏。這一分支在宋代有一部分人又恢復了淳於姓。
出自北魏前期中原的於氏。為避三國之亂，於氏的一部分人改姓為萬忸於氏。北魏孝文帝漢化改革時，這部分人又恢復了本姓於。另外，鮮卑族的萬忸於氏原為山東於姓人，後隨鮮卑俗改之，孝文帝漢化改革時又復於姓。實際上，他們是漢朝於公的後代，在三國戰亂時隨拓跋鄰部離開中原而改姓。到後來鮮卑族的拓跋珪在我國北方建立了北魏，才又重回中原，複姓為於。