日本黑豆的做法有多種流派，但共同點在於都需要經過長時間的煮製以及特定的調味料處理。以下是幾種典型的做法：
基礎煮法。將黑豆清洗乾淨後，浸泡一晚上。第二天，將黑豆放入鍋中，加入足量的水（水量至少要沒過黑豆兩到三倍），大火煮開後轉小火慢慢煮至軟熟（根據個人喜好，煮製時間可能需要2至3小時）。在煮製過程中，需要定期去除浮沫和雜質。
日式調味法。在黑豆煮軟後，可以加入特定的調味料，如糖、鹽、醬油等，以增加風味。有些做法中還會加入小蘇打粉或一塊小鐵塊（或純鐵鍋）來幫助黑豆煮得更軟。
浸泡法。將清洗好的黑豆放入盆中，加入足量的水（大約是黑豆的五倍），再加入泡打粉或其他調味料（如糖、鹽、醬油等），密封後放置一晚上。第二天，將黑豆和液體一起煮沸，然後轉小火繼續煮至軟熟。
每種做法都有其獨特之處，可以根據個人口味和習慣選擇適合的做法。