《星際爭霸II》的故事發生在艾爾星（Aldor星雲）上的三個勢力之間，包括星際聯邦（Protoss）、黑暗聖堂武士（Zealots）以及潛伏在基斯諾普（Korhal）行星上的凱瑞甘（Zerg）。
星際聯邦是三族中最早出現的一支，而Zerg則在行星的蟲巢上誕生並繁衍。黑暗聖堂武士是神族中的一支，他們拋棄了科技的桎梏，以心靈力量和靈能武器作為戰鬥方式。凱瑞甘作為Zerg的主宰，可以操縱菌毯和召喚蟲族，通過吸收敵人的生命能量提升自身力量。
故事的主角之一，雷諾，是一名人類聯邦的探險家，他因在偏遠的星球上發現了一種罕見的礦石而成為聯邦政府的目標。然而，在聯邦政府派遣的追捕者中，他結識了黑暗聖堂武士的領袖塔薩達爾（Tassadar），並最終加入了星際聯邦。
在故事中，雷諾和聯邦的軍官瑪爾·丹尼斯（Malva）一起執行任務，兩人逐漸產生了感情。同時，他們還協助聯邦政府抵抗Zerg的入侵和主宰的統治。在戰爭中，他們還發現了一個名為澤拉圖（Zeratul）的黑暗聖堂武士，他因為對主宰的統治感到失望而投身於暗中行動。
此外，故事還涉及到其他角色和勢力，如凱瑞甘的盟友、蟲族中的女王艾爾納（Elana），以及Zerg中的一些變異生物。這些角色和勢力之間的衝突和合作構成了《星際爭霸II》的主要故事線。
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