曹操殺孔融的原因主要有以下幾點：
侮慢曹操：孔融對曹操的專橫跋扈非常反感，經常諷刺曹操宦官出身，對曹操的兒子曹丕納甄氏的行為，孔融寫信給曹操，引用「武王伐紂，以妲己賜周公」的故事，暗示曹操的行為不妥，這讓曹操感到侮辱，對孔融心懷芥蒂。
生性傲岸，剛直耿介：孔融性格豪放不羈，經常做出一些蔑視禮教、離經叛道的事，他喜抨議時政，言辭激烈，為當時的政治環境所不容。
忠於漢室，不明時局：孔融對漢室忠心耿耿，他針對曹操的「奉天子以從諸侯」的策略，上奏主張「尊崇天子，擴大君權，削弱諸侯權勢」，這明顯就是要曹操還政於漢獻帝。
不具備治國才能：孔融雖然聲名顯赫、才高八斗，但在任職北海期間，多次被黃巾軍和袁紹的兵馬圍困，無力保護百姓，只好棄城而走。
推薦禰衡：孔融推薦了禰衡，禰衡是個毒蛇，政治上毫無建樹，多次當眾侮辱曹操，最終被曹操借刀殺人，作為禰衡的推薦人，曹操在心裡已經狠狠地記了一筆賬，要孔融加倍奉還。
威脅曹操：太尉楊彪因與袁術有姻親，曹操要殺掉他，孔融知道後顧不得穿朝服就來見曹操，威脅說，如果你今天殺他，明天我就辭職回家，再也不做官。在曹操把持朝政以後，他深恐曹操篡漢，多次阻止朝廷對曹操封侯封王。
反對禁酒令：孔融反對曹操為了提倡節儉，反對浮華，頒布了禁酒令。
總的來說，孔融看不慣曹操「挾天子以令諸侯」，代表了復舊及維護漢室的思想，曹操殺孔融，是偶然也是必然。