木瓜的修剪主要包括冬季修剪和夏季修剪兩個時期，具體如下：
冬季修剪。一般在12月至翌年3月間進行，主要方法是短截、疏枝、回縮和緩放等，此時應識別並去除所有問題分支，如死亡、患病或破裂的分支，以及交叉分支，這些可能相互摩擦，造成損害。對於較老的木瓜樹，可以通過修剪刺激新生長，以產生更多的果實。
夏季修剪。時間從樹體萌芽後至停長前（4月至9月）進行，主要方法包括抹芽、摘心和拉枝等。抹芽是指及時去除整形帶以下的芽，以及主枝上背上直立芽及延長枝頭上的競爭枝。摘心則是促進二次枝的生長，如主枝延長枝長到50~60釐米時進行摘心，拉枝則是加大各主枝和各級側枝的開張角度，以培養更好的樹形。
在修剪過程中，應注意使用鋒利的工具，並對工具進行消毒，以防止感染。修剪後，木瓜樹應達到內外枝葉分佈均勻，樹枝佈局合理，以促進更好的光照和果實生長。