木瓜可以通過不同的方法進行發酵，以下是幾種常見的木瓜發酵方法：
製作木瓜酒。先將木瓜去皮去籽，切成片放入打漿機中，加入純淨水打成漿，然後將木瓜漿倒入蒸好的大米中攪拌均勻，加入酒麴後裝入容器中發酵，大約半個月後可以蒸餾。
製作木瓜酵素。將清洗乾淨的木瓜去皮去籽，切成薄片，與糖、水一起放入瓶中發酵，前一個月需要每天攪拌和放氣，發酵時間至少為3個月，最佳為6個月或更長。
製作木瓜乳酸菌飲料。清洗新鮮木瓜，去皮去籽後切成薄片，加入水和果膠酶、糖化酶進行酶解，然後調配糖分，接種乳酸菌進行發酵，最後離心過濾得到發酵清液。
製作木瓜肥料。收集木瓜果皮，清洗乾淨後剁成小塊放入容器中，加入發酵劑後攪拌均勻，然後放入密封容器中發酵，大約需要2到3周時間。
以上方法均可用於木瓜的發酵處理，具體選擇哪種方法取決於發酵目的和個人喜好。