木黴菌是一種有效的生物農藥，具有多種使用方式以適應不同的農業需求。主要使用方法包括：
葉面噴霧。將木黴菌生物製劑溶於水中，噴灑在植物的葉面、根部和枝幹等部位。這種方法適用於病害預防和初期治療。
土壤處理。將木黴菌粉劑與育苗基質混合後播種，或直接撒入苗牀。比例通常爲1：500至1：10。
種子處理。包括拌種和浸種，即將木黴菌劑稀釋後用於處理種子，可以提高種子的發芽率和幼苗的健康。
根部處理。移栽前用木黴菌劑浸根，或移栽後用木黴菌劑灌根。
製作生物肥料。將木黴菌加入有機肥中，作爲生物肥料使用。
此外，木黴菌還可以與其他農業措施結合使用，如與化學農藥混合或交替使用，以增強病害控制效果。使用時應注意環境條件，如避免高溫強光下使用，保持土壤溼潤，並注意與其他農藥的使用間隔。