製作果蔬酵素的方法有多種，以下是幾種常見的製作方法：
基礎果蔬酵素。首先準備100克糖（紅糖、黑糖、黃糖或糖蜜），300克鮮垃圾（如蔬菜葉、水果皮等），以及1000克水。將有蓋子的塑膠容器裝六成水，將糖倒入水中輕輕攪勻融化。然後將果皮菜葉放進糖水中，輕輕攪勻，確保所有果皮菜葉都浸於水中。將塑膠瓶蓋旋緊，並置於陰涼、通風處。製作過程中第一個月會有氣體產生，每天將瓶蓋旋鬆一次並立刻關緊，以釋出氣體。一個月後氣體減少，可以擰緊瓶蓋繼續靜置至三個月期滿。
火龍果酵素。首先用果蔬清洗劑去除水果表面的農藥殘留，然後將火龍果皮保留、外衣去掉，火龍果、蘋果、檸檬切片。在酵素桶里倒入6升水，將切好的水果全部放入桶里，並倒入白砂糖攪拌均勻。蓋好蓋子，每天早晚各攪拌一次，第三天品嘗一下，酸味大過甜味，有汽水的口感就可以出桶裝瓶。
水果綜合酵素。將各種水果洗淨晾乾水分，切成塊或片。將水果和紅糖放入無水無油的瓶中，一層水果一層紅糖鋪好，然後密封好瓶子。成熟時間約3到6個月。前20天記得經常打開放下氣，然後封好就可以了。發酵好的酵素每天食用30ml兌10倍到15倍以上的水稀釋後喝。
以上方法可根據個人喜好和需求進行選擇和調整。