果蠅是雙翅目芒角亞目的一種小型而色淡的蠅類，具有以下特徵：
頭部較大。複眼多為紅色，單眼3個，觸角第三節大，呈橢圓形，觸角芒多為羽狀或有一列長櫛毛。
胸部較大。腹部相對較短。
足和體上均有剛毛。翅膀透明，常有色斑，前緣脈上有2個缺口，亞緣脈不完整，第二基室與中盤室多合併，臀室小或不完全。
幼蟲蛆形。蛹為圍蛹。
成蟲體長。一般3～4毫米，淡黃至黃褐色。複眼具光澤，裸或被微毛。
額部具側額鬃3對。後頂鬃端部會合，單眼鬃、內外頂鬃各1對，髭1～2根。
口器舐吸式。中胸盾片具縱行排列的細剛毛2～10行；背中鬃2對，中側鬃缺如；小盾片背面光潔，具小盾鬃2對。
後足脛節常有端前鬃。翅透明，有時具淡褐或褐色斑紋；前緣脈2個破摺痕，分別位於肩橫脈和r1脈之末端；亞前緣脈細弱、退化不全；第二基室與中室聯合或有橫脈隔開。
腹部狹小。雄性抱器具齒，雌性產卵器骨化較弱。
卵小而橢圓。白色，背側有2～10個絲狀物或2個膜質突起。
此外，果蠅的複眼具有很高的時間解析度，能夠快速分辨運動物體的方位，這使它們能夠迅速逃避危險。果蠅的觸角上有很多褶皺，這增加了對氣味分子的敏感度。雌雄果蠅在體型和顏色上有所區別，雄性通常比雌性小，且後肢顏色較深。