柯南變小的原因是在追查黑衣人的過程中，偶然服用了一種變小的藥丸。具體過程如下：
追查黑衣人：在動漫《名偵探柯南》的第一集中，工藤新一因爲追查黑衣人的情況，被黑衣人餵了變小的藥丸。這導致他直接變成了小學生，並且至今仍未找到變回工藤新一的方法。
服用變小藥丸：變成小學生後，工藤新一在博士家遇到了毛利蘭。爲了不被發現，他靈機一動，告訴毛利蘭自己的名字是柯南。在動漫中，除了工藤新一外，灰原哀也服用了變小藥丸，但他們都沒有找到變回原樣的方法，只能以小學生的身份進行調查。
短暫變回新一：儘管柯南無法真正變回工藤新一，但他可以通過服用某種藥物短暫地變回成年人的身份。這種藥物可以讓他的外貌暫時恢復，但只能維持大約半個小時或更長時間。服用這種藥物有副作用，柯南在劇場版中曾多次使用這種方法成功變回工藤新一的身份，但效果是暫時的。