死海消失的主要原因包括全球氣候變暖導致蒸發量增加、約旦河沿岸國家對水資源的需求增加以及過度開發。
全球氣候變暖使得死海地區的溫度逐步升高，導致湖水蒸發量越來越大，而約旦河沿岸國家對水資源需求的增加和過度開發，如大力發展灌溉農業和開發死海水中的自然資源，進一步降低了流入死海的水量。此外，死海本身的水源主要來自降雨和約旦河，但其地處中東地區，原本降雨量就不足，加之人類活動的影響，死海的面積逐漸減小。
死海目前面臨的最大挑戰是水位持續下降和生態系統退化。死海的水位每年以約1米的速度下降，導致湖水中的鹽分濃度過高，沒有生物能夠存活。