水晶蝦的死亡可能由多種原因引起，包括自相殘殺、凍死、渦蟲之攻擊、跳缸、病死、水源問題、魚蝦不混養原則等。
例如，自相殘殺通常發生在飼養密度過大的環境中，特別是剛脫殼的個體容易被攻擊；凍死是因為水溫過低，水晶蝦的體溫極限大約是10攝氏度，低於這個溫度可能會導致蝦子死亡；渦蟲之攻擊是因為渦蟲寄生於蝦子皮膚上，嚴重影響呼吸功能，導致蝦子死亡；跳缸則是因為蝦缸水位過高，尤其在夏天，蝦子可能會因為水溫高或水氧含量低而跳出蝦缸。
因此，為了保障水晶蝦的健康，需要維持適宜的水溫、水質和飼養密度，並定期檢查蝦的健康狀況，及時處理可能出現的疾病。