清洗水煙壺的步驟如下：
簡單沖洗。在玻璃水煙壺底部裝滿1/2到3/4的水，可以加入洗潔精，但在下次使用之前需要好好沖洗乾淨。如果沖洗後有仍有氣泡，那麼水煙壺可能有洗潔精殘留。
使用刷子。沒有加水的時候可以用刷子刷，但加入水去除硬化的污漬會更容易一點，還可以利用刷子的柔韌性來清洗難以用手清洗的污漬。
多衝洗幾遍。把水在壺裏多搖晃幾下然後把水倒出來，把水煙壺放在和眼睛一樣的高度，便於檢查是否清洗乾淨。如果沒有洗乾淨的話，可以再刷一下。如果在清潔後不立即使用水煙壺，把水煙壺倒過來放置在水槽裏面或毛巾上，以便排出多餘的水。不過要注意放在安全不容易被碰倒的地方。
去除異味。如果已經好好清洗過水煙壺，但聞起來仍然有一股奇怪的味道，可以用檸檬汁沖洗水煙壺，再用水稀釋除去這些殘留的氣味，或使用玻璃清潔劑進行擦洗和除味。
此外，如果水煙壺底部有難以去除的水垢，可以嘗試使用小蘇打或山芋等方法進行除垢。在清潔陶瓷頭時，一定要在陶瓷頭在常溫的情況下清洗，避免在陶瓷頭剛使用後還滾燙的情況下清洗。