水生植物具有多種作用，包括：
淨化空氣。一些水生植物如馬蹄蓮、睡蓮和蓮花能吸收空氣中的有害氣體，如甲醛、苯、氨氣、二氧化碳，並釋放氧氣，從而改善室內空氣品質。
淨化水質。水生植物如草魚藻、黃菖蒲和荷花能在水中吸收營養物質如氮、磷、重金屬離子（如鉛、汞）、有機污染物（如農藥、工業廢水中的有機溶劑），提高水質的透明度和清潔度，降低水體富營養化的風險。
提供生態系統服務。如提供棲息地和生物多樣性保護，維持水體生態平衡。
此外，水生植物通過其獨特的生長方式和生理特性，如發達的根部和菌根共生關係，在獲取養分和呼吸作用方面也有重要作用。