處理水草長黑毛藻的方法有多種，可以根據實際情況選擇合適的方法：
剪除感染部分。對於受到少量感染的水草，可以通過剪除感染部位來控制黑毛藻的生長，這樣可以讓水草重新長出健康的新芽。
增加二氧化碳濃度。黑毛藻生長的一箇常見原因是二氧化碳濃度過低，可以通過增加二氧化碳濃度來抑制黑毛藻的生長，可以加入二氧化碳或使用二氧化碳增強劑。
調整光照。增加光照時間可以抑制黑毛藻的生長，建議將光照時間增加到10至12小時，但要注意，過強的光照會促進黑毛藻的生長，因此合理控制光照強度和時間是很重要的。
使用專門藥物。可以考慮使用水草護理藥物來控制黑毛藻的生長，但必須選擇安全可靠的產品，並按照說明書使用，注意不要過量。
生物防治。放養一些以黑毛藻爲食的生物如飛狐、黑客蝦等，可以幫助控制黑毛藻的數量。
手動清除。定期清潔魚缸壁、裝飾擺件、過濾器等，以去除黑毛藻。
調整水質。通過增加換水頻率、減少養分供應等方式來控制黑毛藻的生長。
增加生物多樣性。在草缸中增加一些以黑毛藻爲食的魚類、螺類等生物，可以幫助控制黑毛藻的數量。
使用除藻劑。採用點射的方式使用除藻劑，直接對準黑毛藻生長的地方進行處理，注意控制合適的用量，處理後關閉過濾器以防藥物流失。
每種方法都有其優缺點，可以根據實際情況和個人偏好選擇合適的方法或綜合使用多種方法進行處理。