泛醌和泛醇的主要區別在於它們的化學狀態和生物活性。泛醌是氧化型的輔酶Q10，而泛醇是還原型的輔酶Q10，具體如下：
化學狀態不同。泛醌是氧化型的輔酶Q10，意味著它含有兩個電子和兩個氫原子「H」，而泛醇是還原型的輔酶Q10，含有兩個額外的電子（QH2），這使得泛醇具有更強的親水性和抗氧化性。
生物活性不同。泛醌在人體內主要作用於提升細胞層面的能量水平，而泛醇則在抗氧化和保護線粒體方面發揮重要作用。
吸收率不同。泛醇比泛醌更容易被人體吸收，因為其具有更好的水合性和更高的生物利用率，研究顯示，泛醇的吸收率是泛醌的5到9倍。
此外，價格方面，由於生產難度和技術要求較高，泛醇的價格通常遠高於泛醌。