海水赤潮是一種有害的生態異常現象，主要由以下原因引起：
自然因素。包括高溫、海域相對封閉等。
人為因素。如沿岸地區人口稠密、經濟發達導致的工業和生活污水排放增加；農業生產中大量使用化肥和農藥；海洋開發程度高和養殖業規模擴大導致的養殖水域嚴重污染；海水富營養化，這是因為排放到海洋里的工業廢水和生活污水中含有大量的營養物質（如氮、磷等），以及有機化合物，這些物質促進了赤潮生物的大量繁殖。
水文氣象和海水理化因子變化。如水溫、鹽度變化等，這些因素影響了赤潮生物的生長和繁殖。
此外，赤潮的發生還與人類活動密切相關，如城市工業廢水和生活污水的排放、農業化肥和農藥的大量使用、海洋養殖業的擴張等，均導致了海域的富營養化，為赤潮生物的繁殖提供了有利條件。