關於淡水第二公墓的故事有很多，但大多數都是傳說和謠言，沒有確鑿的證據證明其真實性。其中一個傳說稱，在公墓的一個角落裡，有一座墳墓，據說裡面埋葬著一個富商的妻子。這個富商曾經拋棄了他的妻子和孩子，去追求他的財富和名利。然而，他的妻子並沒有放棄希望，一直默默地等待著他回來。最終，她因病去世，並被埋葬在公墓里。這座墳墓被稱為“等待之墓”，用來提醒人們珍惜家庭和親情，不要輕易放棄自己的伴侶和家人。
另一個故事是關於公墓管理人員的。據說，有一位管理人員非常盡職盡責，他每天都會巡視公墓，確保墓地的安全和整潔。有一天，他在巡視時發現了一個新墳墓的周圍有一些奇怪的痕跡。他走近一看，發現是一個小女孩在用小手捧著鮮花和紙鶴等物品，給墳墓上墳。這位管理人員感到非常感動，他決定每天都要給這個墳墓上香，並照顧好周圍的墓地。這個故事告訴人們要關愛和尊重生命，尤其是那些逝去的人。
總的來說，淡水第二公墓是一個充滿故事和歷史的地方，這些故事雖然有些神秘和傳說性質，但它們也提醒人們要珍惜生命、家庭和親情。