清水祖師爺的故事有很多，以下是一些典型的：
1. 送子傳說：在清水祖師身邊，有一個關於送子的故事。有一天，一位孕婦在山上迷路了，她向清水祖師訴說迷路之苦，請求幫助。清水祖師問她是否懷孕，她回答是。於是，清水祖師告訴她去某某村莊會生下貴子，囑咐她一定要去，說完這些後，這位孕婦便在山頂消失了。當村莊的婦女去探訪孕婦家時，卻發現婦女生下了一個可愛的男孩，整個村莊的人都在傳說這個嬰兒是由觀音菩薩送給這個家庭的。清水祖師通過送子行為受到了人們的敬仰和崇拜。
2. 消除瘟疫：有一次，某個村莊發生了瘟疫，人們紛紛病倒。人們急忙尋找解決之道，並把希望寄托在清水祖師身上。他們將清水祖師的神像抬到村莊的各個角落，邊走邊祈禱。就在此時，瘟疫神奇地消失了，人們也逐漸康復。清水祖師通過這次行動贏得了人們的信任和感激。
3. 顯靈救火：有一次，村莊發生了火災，火勢迅猛難以控制。人們急忙向清水祖師祈求幫助，將神像抬到火災現場。突然間，清水祖師的神像開始發光，火勢瞬間得到了控制，甚至還逐漸減弱，最終完全熄滅。清水祖師通過這次救火行動再次證明了其神力。
這些故事體現了清水祖師爺的形象，他具有慈悲、智慧和神力，幫助人們解決困難和危機，贏得了人們的尊敬和崇拜。