《湯姆歷險記》的主要故事是：湯姆和他的朋友哈克在厭倦了窮苦的生活，離家出走，開始了一段驚險刺激的歷險之旅。他們加入了一個惡作劇團，專門製造麻煩。一次偶然的機會，他們目睹了一場兇殺案，並由此引發了種種險象。在逃亡的過程中，湯姆遇到了同樣身處困境的罪犯。最終，湯姆憑藉著機智勇敢，不僅成功地將罪犯繩之以法，而且贏得了美人芳心。最後他們帶著無限的眷戀告別了熟悉的故鄉，去追尋真正的自我和更為廣闊的人生。
故事強調了青少年在成長過程中的探索精神和勇敢冒險，展現出湯姆聰明機智、富有正義和幽默感的人物形象。同時，故事也體現了友情、家庭和自我成長的重要性，教育讀者要誠實守信、尊重他人、勇敢面對困難並承擔責任。