根據提供的信息，漆黑的魅影二周目包括以下關鍵步驟和任務：
回到家中：在二周目開始時，玩家需要選擇跳過動畫後回到家中。
獲取船票：下樓後，玩家會從父親那裡獲得船票。
尋找其他冠軍的秘密基地：米可利會打電話告知玩家去找其他冠軍的秘密基地。
選擇水都的顏色：玩家需要在電視上選擇水都的顏色，建議選擇不喜歡的那個。
升級全國圖鑑：小田卷博士會在研究所升級玩家的全國圖鑑。
找到米可利：玩家需要去水靜市找米可利，地點在一周目過不去的魅影摩天樓門口。
獲取化石：在冬雪鎮，玩家可以從化石迷的家裡拿到樹根化石，進而獲得觸手百合。
挑戰小赤和小綠：玩家可以在冬雪鎮向左穿過流星瀑布，找到小赤和小綠並與之對話挑戰。
挑戰希羅娜的秘密基地：飛到茵郁市，衝浪向下走，找到希羅娜的秘密基地並與之對話挑戰。
捕捉海皇牙：在綠嶺市向下衝浪，潛水進入洞口，盡頭可捕捉Lv.70海皇牙。
捕捉超夢和聖柱王：飛到茵郁市，向右走，找到120號道路的洞窟進入捕捉Lv.80超夢；使用挖洞技能進入洞穴，捕捉Lv.40冰神柱和Lv.50迪奧西奇斯。
挑戰道館：打敗夢世界第一個道館（地面系）、第二個道館（毒系）和鬼系道館，分別獲得TM56、TM36毒爆彈和TM30影子球。
以上步驟涵蓋了漆黑的魅影二周目的主要活動和任務。通過完成這些任務，玩家不僅能夠提升寶可夢的實力，還能深入了解遊戲的世界觀和故事情節。