澄清池的工作原理主要基於以下三個方面：
泥渣與原水的接觸吸附。澄清池中的泥渣與進入的原水相互接觸，原水中的懸浮物被泥渣吸附，從而實現水的澄清。
機械攪拌或水力循環。機械攪拌澄清池通過中心轉動葉輪的作用，將原水與回流泥渣混合，促進泥渣的循環回流和接觸反應；水力循環澄清池則利用高速水流和重力分離水中的顆粒物。
懸浮泥渣層的形成與作用。澄清池中形成的高濃度穩定活性泥渣層，通過動態平衡狀態截留水中的懸浮物和雜質，同時，泥渣層的厚度和流速需適當控制以保持最佳處理效果。
澄清池將混合、絮凝、沉澱等工藝綜合在一個池內完成，相比傳統的沉澱池，其占地面積更小，處理效率更高。