在動漫《火影忍者》中，以下主角和重要角色已經死亡：
自來也：他是木葉隱村的「三忍」之一，對鳴人有著重要的影響。在刺探情報的過程中，不幸死於「曉」首領佩恩之手。
日向寧次：他是日向一族的天才，在中忍考試輸給鳴人後，對命運有了新的認識。在第四次忍界大戰中，為了保護鳴人和雛田，犧牲自己阻擋十尾的扦插之術。
猿飛阿斯瑪：他是木葉忍者村的近戰精英上忍，同時也是第三代火影的兒子。在與「曉」的戰鬥中被飛段殺死。
猿飛日斬：第三代火影，精通五種查克拉屬性的忍術。在大蛇丸毀滅木葉行動中，使用屍鬼封盡與兩位影級忍者同歸於盡，犧牲了自己來保護木葉忍者村。
宇智波鼬：他是木葉村的精英忍者，為了村子和弟弟的安全，親手毀滅了宇智波一族，並與三代火影交易去曉組織當臥底。鼬的死是為了讓佐助快速成長，並幫助忍界破解穢土轉生。
長門：他的死亡是在帶土的回憶中展現的，長門經歷了父母雙亡和最好的朋友死於自己刀下的悲劇，最後被穢土轉生所控制。
以上列出的角色都是《火影忍者》中的重要角色，他們的死亡對劇情產生了深遠的影響。