舍利子的形成有多種可能的解釋，主要包括：
火化結晶說：在佛教傳統中，高僧圓寂後通常會被火化。在火化過程中，由於身體內的礦物質與火焰的高溫相互作用，可能會形成各種形狀的結晶體，這些便是人們通常所說的舍利子。
結石說：另一種科學解釋認爲，舍利子可能是人體內的結石。由於僧人長期素食，攝入大量的纖維素和礦物質，而這些物質在人體內不易被完全吸收，經過長時間的積累可能會形成結石。然而，有觀點認爲，普通的結石經不住高溫就會灰化，而“舍利子”卻堅硬無比，能耐得住劇烈的高溫。
骨骼殘餘說：骨骼在火化過程中可能不完全燃燒，留下一些堅硬的殘餘物。這些殘餘物在經過時間的洗禮後，也有可能被尊稱爲舍利子。
長期的飲食習慣導致：僧侶皈依佛門之後，便一生喫素，而蔬菜水果等這些素食當中含有大量的纖維素和礦物質，豆製品類的素食如豆腐等又富含豐富的鈣物質元素，這些物質在僧侶體內經過消化代謝後更容易產生碳酸鹽與磷酸鹽等的一些結晶體。
總的來說，舍利子的形成原因並沒有一箇統一的解釋，不同的理論都有其依據和質疑。