牛奶變酸的原因主要有兩個方面：
儲藏條件不當：牛奶在儲藏和運輸過程中，如果沒有得到適當的低溫冷藏，而是在常溫下保存，會導致牛奶中的微生物繁殖，從而使得牛奶變質變酸。
交叉污染：在工廠生產過程中，如果管理不嚴，鮮牛奶的包裝可能會弄到酸奶的生產線上，導致牛奶出現酸奶的味道，這通常是由於交叉污染造成的。
需要注意的是，牛奶本身在短時間內不會輕易變酸，除非是在不適當的條件下儲存。而喝牛奶後出現反酸的現象，是由於牛奶進入胃內後增加了胃內壓力，同時牛奶中的鈣質刺激胃酸分泌，導致反酸加重。這種情況下的反酸並不意味着牛奶本身變酸，而是個體對牛奶的反應。