無土栽培作為一種現代農業生產方式，具有許多優勢，但也存在一些問題。以下是詳細介紹：
成本問題。無土栽培一次性投入較大，需要購買專門的設施設備，如滴灌系統、營養液配製設備等。雖然國內有研究開發簡易的無土栽培設備，可以降低初期投入，但在技術、自動化和機械化方面可能不如國外設備。
技術要求高。無土栽培對技術和管理的要求較為嚴格，需要專業人員來配置營養液、調節環境因素（如光照、溫度、濕度），以確保植物能夠健康成長。
營養管理難度大。無土栽培需要精確的營養管理，包括對各種元素的需求量進行精確控制。營養液配合比例如果不及時調整，容易導致植物營養缺乏，出現葉片發黃、變形等症狀。
病蟲害防治。雖然無土栽培環境下病蟲害相對較少，但仍需進行有效防治。由於營養液是循環再利用的，一旦某一植株生病，病害可能通過營養液快速傳播給其他植株。
環境控制。無土栽培受環境因素影響較大，需要加強照明、選用合適的燈具降溫降濕，以適應植物生長的需求。
災害風險。無土栽培的植株生長在容器或支架上，對於自然災害如地震、風暴的抵抗能力較低，存在較大的災害風險。
儘管存在這些問題，無土栽培仍具有許多優勢，如提高產量、環境清潔衛生、節水節肥省工、避免連作障礙以及不受土壤限制等。