製作燻魚通常選用肉質厚實的魚類，如草魚、青魚、鯉魚、胖頭魚等。 草魚和青魚是最常用的選擇，因爲它們的肉質適合熏製，且味道鮮美。此外，也有使用鯧魚、日本鯖魚等魚類來製作燻魚，這些魚類的使用通常見於更講究的宴客菜。