牟宗三的弟子眾多，其中包括了多位著名的哲學家和學者。以下是一些著名的牟宗三弟子：
楊樹林。生於1937年，祖籍福建省福州市，追隨牟宗三先生超過五十年，致力於弘揚華夏文化。
盧雪昆。牟宗三先生的嫡傳弟子，香港新亞研究所專任教授，致力於孔子哲學傳統的研究。
李明輝。台灣「中央研究院」文哲所研究員，也是新儒家的重要代表人物之一。
蔡仁厚。台灣新儒家代表人物，東海大學榮譽教授，被視為牟宗三先生最忠實和優秀的學生之一。
此外，還有戴璉璋、王邦雄、李瑞全、王財貴、楊祖漢、林安梧等，他們在儒家哲學的研究和傳播方面都做出了重要貢獻。