玻璃奶瓶的消毒方法主要有沸水消毒和蒸汽消毒，兩種消毒方式操作如下：
沸水消毒。將玻璃奶瓶放入冷水中，逐漸加熱至沸騰，保持煮沸狀態5至10分鐘，然後加入奶嘴和其他膠質品，蓋上鍋蓋，再煮3至5分鐘。
蒸汽消毒。將清洗乾淨的玻璃奶瓶拆分為瓶身和奶嘴，瓶身倒立放入奶瓶消毒器，奶嘴直立在特定的地方，蓋上蓋，插上電源，幾分鐘就能完成消毒。
除此之外，微波爐消毒法也是常用的消毒方式，將奶瓶中加入10~20毫升水，用保鮮膜將瓶口包住，奶嘴組件則浸沒在有水的容器中，用微波爐大火加熱2分鐘左右。
消毒完成後，應使用消毒過的奶瓶夾取出奶嘴、瓶蓋，並放到乾淨通風的地方晾乾。