珍珠的形成是一個複雜的過程，主要由外因和內因兩種方式引起。外因通常是外界異物（如沙粒、病毒、寄生蟲等）進入珍珠蚌內部，刺激外套膜，導致其分泌珍珠質將這些異物層層包裹，最終形成珍珠。內因則是在貝類動物生病時，表皮細胞發生病理變化，分裂並包裹自身分泌的有機質，陷入外套膜結締組織中形成珍珠囊，分泌珍珠質形成珍珠。
珍珠的形成過程可分為幾個階段：
刺激階段：外界異物刺激貝類動物，引起珍珠母細胞分泌珍珠質。
包裹階段：珍珠質不斷分泌，異物逐漸被包裹形成圓形珠核。
硬化階段：珠核形成後，繼續被珍珠質包裹，內部水分減少，珠核變硬。
成熟階段：珍珠質表面逐漸光滑、透明，珍珠成熟。
此外，珍珠的形成還受到貝類動物種類、環境因素（如水溫、鹽度、水流）的影響。人工養殖技術利用這一原理，通過植入異物控制珍珠的形成過程。