生物菌肥的製作方法有多種，這裡提供一種常見的製作方法：
準備材料。新鮮的廚餘廢料或植物秸稈、畜禽糞便（如牛糞、雞糞）、發酵菌、蔗糖、酵母、磷酸二氫鉀、苯甲酸、澱粉、葡萄糖等。
混合材料。將廚餘廢料、畜禽糞便和植物秸稈按一定比例混合，切成小塊的植物秸稈或稻草泡水後備用。
添加發酵菌。在混合物料中加入適量的發酵菌，充分拌勻。
發酵處理。使用塑膠布覆蓋混合物料，進行密封發酵。發酵時間一般為10至15天，具體時間可能因物料種類和發酵菌的不同而有所變化。
成品處理。發酵完成後，可進行篩分和過篩處理，使產品更加適合農作物使用。
此外，還可以使用液體生物菌肥的製作方法，將有機廢棄物、糖、水和發酵劑混合在密閉容器中發酵，發酵完成後過濾液體，加入適量的氮、磷、鉀等肥料製成液體生物菌肥。或者將有機廢棄物、土壤、發酵劑和水混合在密閉容器中發酵，發酵完成後晾乾粉碎成粉末，製成固體生物菌肥。
請注意，製作生物菌肥時需要注意衛生安全，避免使用受污染的材料。