保存皮蛋的方法主要有以下幾種：
塑膠袋密封保存：可以將皮蛋放在塑膠袋中密封保存，一般可保存3個月左右而風味不變，注意袋口要繫緊，並放在常溫下的陰涼、避光、乾燥、通風的地方保存，不要讓陽光直射，以免皮蛋發生變質，但不可長期放在冰櫃內儲存，以免影響皮蛋的風味和品質。
保留蛋殼外的泥：為了保持皮蛋的新鮮，不要將蛋殼外的泥洗掉。這層泥是用食用鹼、生石灰等調製而成的，具有一定的保鮮作用。
此外，剝好的皮蛋應儘快食用，不可留存到下次餐食用，因為它的保質期只有2小時。剝好的皮蛋不要長時間暴露在空氣中或放在冰櫃里，否則易感染病菌，導致食用者出現中毒症狀。