使用真空分裝瓶的方法可以根據不同的類型有所區別。以下是幾種常見的使用方法：
液體灌裝。首先準備所需的原材料和工具，如真空分裝瓶、液體、灌裝機、注液針、真空泵等。檢查真空分裝瓶的密封性，確保工作環境整潔。將液體倒入灌裝機，連接注液針和真空泵，將注液針插入真空分裝瓶，並開啓真空泵。當液體注入完畢後，關閉真空泵並密封瓶口。
無吸管式真空瓶。這種類型的瓶子內部有一箇活動的托盤，隨着使用不斷上升。使用前需將托盤推到下部，然後反覆沖洗，直至乾淨。灌入護膚品後，扣上壓頭不斷壓，直至護膚品壓出。
真空壓縮分裝瓶。這種類型的瓶子通過減少周圍的空氣壓力產生真空環境，用於保存食品。將要保存的食品放入瓶中，密封瓶口，然後使用真空包裝機排出空氣，產生真空環境。密封瓶子以保持真空狀態。
抽取式和填補式化妝品瓶。抽取式需要使用細管插入化妝品中抽取，注意緩慢進行以維持真空狀態。填補式則適用於面霜、乳液等霜狀質地的護膚品，直接填入後用針管推至真空狀態。
內容物按壓至最後的使用方法。當真空瓶中的內容物用完時，可以拆下泵頭等部件，用硬物將瓶中的活塞頂到底部，然後重新組裝真空瓶，以便重新使用。