磷壁酸是革蘭氏陽性菌細胞壁的主要組成成分，具備多種重要的生理功能。其主要功能包括：
形成負電荷環境。幫助細胞壁吸收二價陽離子（如Mg²⁺），增強細胞膜的穩定性。
貯藏磷元素。作為磷的儲存形式，在細胞代謝中起到關鍵作用。
調節細胞內自溶素的活力。防止細胞因自溶而死亡，有助於維持細胞的完整性。
作為噬菌體的特異性吸附受體。在病毒吸附過程中發揮作用。
賦予G⁺細菌特定的表面抗原。有助於菌種的鑑定和特異性免疫反應的觸發。
增強某些致病菌對宿主細胞的粘連。避免被白細胞吞噬，以及具有抗補體的作用，這些功能有助於病原菌在宿主體內的生存和繁殖。
此外，磷壁酸還協助肽聚糖加固細胞壁，從而提高細胞壁的結構強度。