磷蝦魚油的服用方法通常是口服，每天1至3次，每次1至2粒。
部分產品推薦在晚上睡前服用，因爲晚上睡前服用可能更容易被人體吸收，如果忘記隨餐服用或因其他原因不便隨餐服用，空腹時服用也是可以的，需要注意的是，魚油可能會對腸胃造成刺激，因此，隨餐服用可能更好，特別是對於磷蝦油這種油脂含量較高的產品，服用魚油時最好使用溫水，不建議咬破膠囊，以避免噁心反胃等不適，同時，應避免過量服用，以免增加出血風險，手術前後兩週內也應避免服用魚油，孕婦一般不宜服用魚油，在服用任何魚油產品時，最好遵循產品說明書或醫生的建議。