神曲的炮製方法主要包括以下幾個步驟：
準備原料。將赤小豆和苦杏仁分別研磨成粉末，與麵粉混合均勻。
製作湯液。將鮮青蒿、鮮蒼耳和鮮辣蓼切碎，用適量水煎煮，提取湯液。
和面。將煎好的湯液陸續加入麵粉等混合物中，揉成麵團。
發酵。將麵團製成扁平方塊，用粗紙或痲袋包裹，放入木箱或席簍中，保持30到37℃的溫度進行自然發酵，直到表面出現黃白色菌絲。
乾燥。將發酵好的神曲取出，切成小塊，進行乾燥處理。
此外，神曲還可以通過炒制、麩炒等方式進行炮製，以增強其藥效。炒神曲和焦神曲的炮製過程中，會使用文火加熱，炒至表面變為金黃色或焦褐色，並散發出香氣。