種子可以根據不同的標準進行分類：
根據胚乳的有無和多少。可以將種子分為有胚乳種子和無胚乳種子。有胚乳種子包括單子葉有胚乳種子（如禾本科植物）、雙子葉有胚乳種子（如大戟科、蓼科植物）和內胚乳發達種子（如多數作物種子）。無胚乳種子則包括豆科、十字花科、錦葵科、葫蘆科、菊科、薔薇科等，這些科目的植物在發育的中後期，胚乳被胚消耗，因此胚特別是子葉發達。
根據植物形態學方法。可以將種子分為五大類，包括果實及其外部附屬物、果實全部、種子及果皮一部分、種子的全部和種子的主要部分。
根據用途和類型。可以將種子分為育種家種子、原種和良種。育種家種子是指育種家育成的遺傳性狀穩定的品種或親本的最初一批種子；原種是指用育種家種子繁殖的第一代至第三代或按原種生產技術規程生產的達到原種質量標準的種子；良種則是指用常規種原種繁殖的第一代至第三代和雜交種達到良種質量標準的種子。
根據作物類型。可以將種子分為穀類作物種子、蔬菜種子、果樹種子、草地種子、花卉種子、果蔬組合種子、食用菌種子、油料作物種子、樹種種子和茶葉種子等。
根據繁殖方式。可以將種子分為真種子、類似種子的果實和根莖類的營養器官。
此外，還可以根據《中華人民共和國進出口稅則》對種子的歸類建議進行分類。