稽查科的工作職責主要包括以下幾個方面：
行政執法工作的組織協調、監督、辦案指導。這包括案件管理系統、執法信息公開、統計、報送和通報工作。
監督和管理轄區內的直銷企業、直銷人員及其直銷活動。這包括查處傳銷和違法直銷行為，以及查處不正當競爭違法行為。
調查處理價格投訴舉報及相關的價格收費違法行為。包括價格專項檢查、配合開展價格公共服務和價格預警與應急處置工作。
查處無合法來源進口貨物的違法行為。以及處理區域性價格投訴舉報及相關的價格收費違法行為。
處理集中投訴舉報等大批量案件線索。包括組織協調、指導監督、執法辦案職責。
查處商務違法行為、認證和檢驗檢測的違法行為。並按規定調解智慧財產權糾紛。
負責稅務稽查工作。包括擬訂稅務稽查工作規程及選案、檢查、審理、執行各環節的相關業務規定。
對學校財務制度執行情況進行稽查。包括日常稽查、專項稽查、常規抽查和整改複查等。
在衛生計生綜合監督局中，稽查科負責重大和跨地區的衛生行政處罰案件的受理、調查和取證。
監督中心各科室、管理部執行管理政策、財經法規及制度。包括內控制度的執行情況，以及住房公積金業務各項政策法規的合規性審核。
這些職責涵蓋了從行政執法、市場監管、價格行為調查到稅務和財務審計等多個方面，確保了稽查科在維護市場秩序、保障公平競爭和規範經濟行為中發揮關鍵作用。