穿行測試是一種審計程序，用於追蹤交易在財務報告信息系統中的處理過程，以瞭解被審計單位業務流程及其相關控制。執行穿行測試時，註冊會計師通常會綜合運用詢問、觀察、檢查相關文件及重新執行等程序。這些程序有助於註冊會計師充分瞭解業務流程，識別必要控制設計無效或出現缺失的重要環節。在執行穿行測試時，應選取具有典型代表性的測試樣本，這些樣本應涵蓋所有控制點，以直接影響測試結論。接下來，根據之前對控制活動的描述，按照業務流程順序確定測試的程序和步驟。對於留有運行軌跡的控制活動，可以列出所需要的資料清單，與有關人員溝通，獲取資料並進行測試；對於無法取得文檔資料的控制點，可以採用觀察的方式，查看相關人員執行有關控制的過程。在測試過程中，應記錄樣本的識別特徵、測試程序與步驟、測試的結果及發現的問題等，並將取得的證明性資料進行編號，與穿行測試底稿及控制矩陣一一對應。對於不符或異常情況，應進一步追查原因，確定例外事項類型。最後，根據穿行測試的結果，應就內部控制是否有效給出結論：無效、有效或者部分有效。