細菌屋是一種用於魚缸過濾系統的生物濾材，主要用於培養硝化細菌，以淨化水質，其正確使用方法如下：
放置位置。將細菌屋放在魚缸的過濾盒中，一般位於過濾棉下方，確保水流先通過過濾棉以濾除雜質，然後再流經細菌屋，以便硝化細菌發揮作用。
清洗與消毒。新購買的細菌屋需要用清水浸泡，以釋放可能的有害物質，在使用過程中，表面會自然形成一層菌膜，這有助於淨化水質；細菌屋應定期清洗，但要注意不要一次性全部清洗，以免硝化細菌流失。
擺放方式。細菌屋應豎直襬放，避免橫着擺放，並且要擺放緊密，以減少水流中的縫隙和死水區，避免滋生有害細菌。
維護與更換。細菌屋在使用過程中會逐漸老化，建議每2到3年更換一次，以保持其過濾和培養硝化細菌的效果。
需要注意的是，細菌屋是高溫燒製而成的濾材，直接放入魚缸可能會釋放有害物質，因此應先清洗乾淨後再使用。此外，由於硝化細菌是好氧性細菌，如果魚缸中養殖密度較大，可能需要開啓氧氣泵以避免氧氣不足。