羊肚菇的處理方式取決於它是新鮮的還是乾的，以及是否爲野生品種。
新鮮羊肚菇的處理方式如下：
在盆中放入清水，將新鮮羊肚菇放入盆中，用手輕輕攪拌清洗，攪拌兩到三次即可洗淨。
可以將根部不乾淨的泥土削去，然後進行沖洗。也可以切開後進行沖洗。
野生新鮮羊肚菇可以剪開，用水龍頭的水沖洗，同時用手攪動水流，清洗幾分鐘後即可。
幹羊肚菇的處理方式如下：
使用45度左右的溫水泡發，這樣既能保證羊肚菇的香味發散出來，又不會破壞其口感。大約浸泡25分鐘後，羊肚菇變軟即可撈出洗淨。
先用冷水沖洗幹羊肚菇的表面，然後再用溫水泡發開菌褶，再用手輕輕旋轉，讓泥沙沉入盆底。
需要注意的是，泡洗時不能捏擠幹羊肚菇，以免沙子被擠入蘑菇的菌褶中，反而難以洗淨。泡完的水不建議用來煮菜煲湯，因爲含有灰塵泥沙。