製作肥水的方法有多種，以下是幾種常見的製作方法：
紅糖或黑糖法。使用寶特瓶、漏斗、新鮮或乾桔（柚、橙）皮、米醋、豆渣或過期豆類、油渣子（菜籽餅）、花生餅、芝痲餅等材料。將紅糖、材料（混一片桔皮）、水按1:3:10的比例混合（體積比），加入一調羹醋加快發酵速度。瓶蓋虛蓋上以防蟲子飛入，一周後打開瓶蓋聞一下，若有淡淡的橙香加酒香或醋味，則說明成功。氣溫超過25度時，一個月後可使用；低於25度時，需2-3個月。使用時，以1:80-100的比例用水稀釋後澆植物盆土上。
椰母核原液法。在一瓶肥水中加入約50毫升椰母核原液，其豐富的酵母菌和乳酸菌可加速發酵同時去臭。也可加入小橘子增加香味。
香蕉皮法。將香蕉皮切成小塊，放入裝有清水的容器中（九分滿），加入EM原露促進發酵。這種方法適用於喜酸性植物，15天後稀釋澆灌植物。
這些方法均可製作出適合植物的肥水，選擇哪種方法取決於可用材料和個人偏好。