辦理臺胞證的流程包括以下幾個步驟：
準備材料。需要準備填寫的《臺灣居民來往大陸通行證申請表》（貼有本人正面免冠彩色近照，規格爲33mm×48mm），1張同樣的照片，以及本人的有效臺灣地區身份證和臺灣地區出入境證件，如果沒有身份證，可以提供戶籍謄本或戶口名簿。
提交申請。將上述材料提交給公安機關出入境管理機構，受理機構會審覈申請材料。
等待審批。受理機構會對符合申請條件、申請材料齊全且符合法定形式的申請人出具《受理臺灣居民來往大陸通行證申請回執單》。審批機構將進行審覈，作出批准或不批准的決定。
如果證件遺失，需要先到當地派出所報案，憑報案回執辦理臨時住宿登記，然後攜帶臨時住宿登記證明、航班證明、本人的有效臺灣地區身份證和臺灣出入境證件，以及兩百元的辦理費用，到居住地出入境管理部門申請補發新的臺胞證。