《航海王》故事內容主要圍繞著草帽海賊團與各種敵人之間的戰鬥，講述了他們朝著偉大的航路邁進，並尋找被稱為海賊王的寶藏的冒險故事。
在故事中，草帽海賊團抵達磁鼓島，與武士家族武士喬巴用藍波球穿越時空，被捲入奇異的大混戰，擾亂了這個時代的戰爭，後來草帽海賊團通過努力成功突破磁鼓島的防線，找到了製造殭屍的器官並封印在島上殭屍們的鑰匙。另外他們成功得到了千年龍的指引，與抖哥交涉離開島上到達下個島嶼後擊敗紅髮、阿菊父子擋住草帽海賊團前往深海之底時遭到克洛克達爾和怪僧烏索普出手擊飛攻擊全部落空並隨烏索普加入夥伴隊伍而踏入新的征程。
故事中還將呈現各種性格的角色間的友情、團結與信任，來讓讀者共同感受冒險的樂趣和成長的歷程。