清洗芽菜的過程主要包括以下幾個步驟：
提前浸泡。在種植芽菜之前，將種子浸泡在清水中約1小時，以讓種子吸收足夠的水分，減少吸附雜質的可能性。
充足清洗。在收穫前，剪掉芽菜的根部，然後用流動水徹底清洗，多衝洗幾次。可以多次換水，同時輕輕搓洗芽菜，幫助去掉雜質和沙子。
泡水去沙。如果芽菜仍帶有沙子，可以將其浸泡在清水中約1小時，沙子會沉澱，再將芽菜過水清洗，以除去大部分沙粒。
使用科學工具。如果普通方法無法徹底清洗，可以使用科學工具如離心機，通過高速旋轉使沙石等雜質離心而出，然後再進行清洗。
此外，還需要對芽菜生長的環境進行定時清潔，以防止黴菌生長。如果在發芽過程中聞到黴菌的味道，應該丟掉整批芽菜。如果沖洗後黴菌的污漬消失且沒有異味，那麼芽菜可能仍然可以食用。