茼蒿的施肥主要包括基肥和追肥兩部分。
基肥：茼蒿生長周期短，根系發達但較淺，耐肥而不耐旱，因此必須施足基肥。春秋季露地種植時，每畝施用腐熟有機肥2500~4000千克、50公斤磷肥和15公斤尿素，撒施於地表後深耕細耙，整平作畦，灌水造墒。早春小拱棚種植應在上一年秋季施入基肥；塑膠大棚種植則在冬前施入，每畝使用腐熟有機肥4000千克和複合肥15~20公斤，之後翻地15~20厘米，耙平作畦，準備播種。
追肥：茼蒿的生長期只有30~50天，在旺盛生長期結合澆水沖施複合肥。春播茼蒿在株高8~10厘米時，每畝隨水沖施硫酸銨15~20千克；收割後再結合澆水沖施硫酸銨10~12千克。秋播茼蒿在幼苗長出4片真葉時，每畝沖施複合肥8~12千克或硫酸銨10~15千克；當茼蒿有8~10片真葉時，每畝沖施複合肥15~20千克或硫酸銨15~20千克加適量的磷鉀肥料。大棚種植的茼蒿在苗高10~12厘米時，每畝施複合肥15~20千克或硫酸銨18~23千克加適量的磷鉀肥。收割後，每次施複合肥15~20千克或硫酸銨16~25千克加適量的磷鉀肥，可以多次收穫。
此外，茼蒿幼苗期需肥量很小，當幼苗長到8~10片真葉時進入生長旺盛期，需肥量增加，應加強肥水管理。施肥時要注意「前期輕肥、後期重肥」的原則，以確保茼蒿的健康生長和高產。