在保存菌液時，使用甘油是一種常見的方法，可以有效地保護細菌，防止其在冷凍保存過程中失活。
甘油可以降低細胞壁的水分，在低溫下保持菌株的生命活力。甘油還可以提高保存菌株在長時間冷凍保存後的恢復率。為了配製保存菌種的甘油溶液，通常將甘油與蒸餾水按一定比例混合，例如，20%甘油溶液是指甘油與菌液的比例為20:80。混合後的甘油溶液應分裝在乾淨的保存瓶或管中，並標註相關信息，如甘油的濃度、保存日期等。在保存培養基時，也應加入所需濃度的甘油，然後將微生物液混合均勻，保存在-70℃以下的冷凍箱中。
此外，還有一種方法是將甘油和生理鹽水按1:1的比例配成終濃度為50%的甘油溶液，使用時，按50%甘油:菌液=1:1的比例混合，使甘油終濃度在20-30%之間。甘油濃度過高或過低都不利於菌種保藏。將這樣的甘油菌種轉移至-80℃的冰櫃長期凍存。需要取用菌種時，可以將凍存管放在37℃的水浴中快速解凍，直到菌種完全融化，然後取出菌種進行實驗。